Atualmente 6 são as principais linhas de pesquisa sendo desenvolvidas no Grupo Maua:
1. Idade, crescimento e estabelecimento da vegetação de áreas alagáveis
Esta linha visa determinar a idade e o crescimento da vegetação herbácea e arbórea de diferentes estágios sucessionais em florestas áreas alagáveis, com ênfase às vegetações amazônicas. São também estudadas nesta linha de atividade as fases de regeneração e estabelecimento das espécies chave componentes dessas vegetações.
2. Ecofisiologia, bioquímica e balanços de carbono da vegetação de áreas alagáveis
Esta linha visa estabelecer os mecanismos fisiológicos e bioquímicos propiciando a sobrevivência e a incorporação de carbono na vegetação vivendo sob as condições extremas de áreas alagáveis, especialmente as áreas úmidas amazônicas.
3. Interações entre organismos e organismos-ambiente controlando a biota em áreas alagáveis
Em áreas alagáveis, estudar os mecanismos interativos entre os organismos, incluindo interações químicas como aquelas entre inseto-planta e planta-planta. Também serão premiados nesta linha de atividade interações entre organismos e o ambiente e analisadas as implicações dessa dinâmica para o funcionamento desses sistemas e a distribuição de seus organismos, sejam eles indicadores ecológicos ou não.
4. Controles biológicos e geo-morfológicos determinando diferentes tipologias alagáveis e sua espacialização
Por meio do aumento nas informações sobre os componentes bióticos e abióticos preponderantes, esta linha visa o refinamento das tipologias alagáveis brasileiras, em particular as tipologias alagáveis amazônicas, indicando suas características, composição florísitica e fito-diversidade, vocações e formas de uso compatíveis e sustentáveis.
5. Efeitos da ação antrópica e ecotoxicologia sobre as áreas alagáveis amazônicas
Investigar os principais efeitos da ação antrópica em áreas alagáveis amazônicas. Incluindo estudos de efeitos do desmatamento e perda da biodiversidade e de contaminação. As questões ligadas à ecotoxicologia premiarão principalmente a dinâmica do mercúrio e petróleo, com estudos do ciclo biogeoquímico do mercúrio, sua bioacumulação na cadeia alimentar aquática e neurotoxicologia em humanos e estudos da deriva de manchas de petróleo e efeitos toxicológicos sobre a flora e fauna aquática.
6. Manejo sustentável e monitoramento de áreas úmidas
Uso de indicadores ecológicos para refinar a tipificação das áreas úmidas, com ênfase àquelas da Amazônia, por meio do uso de múltiplas ferramentas, como as propriedades físico-químicas dos corpos de água e áreas de captação, e valores de atributos específicos dos componentes bióticos chave. Procura-se ainda o refinamento de índices ecológicos discriminatórios das diferentes tipologias e seu estado de conservação.